本发明公开了一种含烯丙基异硫氰酸酯的微胶囊制剂及制备方法与应用。该微胶囊制剂由壁材聚乙二醇和芯材烯丙基异硫氰酸酯与大蒜素的混合物组成，并通过如下步骤制备得到：1)将聚乙二醇加热至熔解后，保持恒温，迅速地向融化的聚乙二醇中加入烯丙基异硫氰酸酯与大蒜素的混合物，搅拌形成均匀的烯丙基异硫氰酸酯、大蒜素与聚乙二醇的共融物；2)自然冷却后，研磨粉碎，过筛后，即得微胶囊制剂。本发明制备的含烯丙基异硫氰酸酯的微胶囊制剂的包载率高，增效作用强，能够有效提高含烯丙基异硫氰酸酯的活性成分的稳定性、延长其持效性、降低毒性、掩蔽异味、减少环境污染；具有较强的成本优势、经济效益和较好的防治效果。