一种嵌入式多核环境下应用程序的调试方法，属于应用程序调试方法，解决现有调试方法存在的不能独立于操作系统、不适于两个以上核调试，且功能不够全面的问题。本发明包括建立远程连接步骤、发送调试命令步骤、分析调试命令步骤、线程核绑定步骤、插入断点步骤、查询断点步骤、删除断点步骤、单步执行步骤、持续执行步骤、执行至结束步骤、查看变量步骤、查看线程运行核步骤、获取核运行线程步骤和统计线程运行时间步骤。本发明能够独立于操作系统并独立于嵌入式开发工具对应用程序进行调试，调试功能较全面，宿主机端调试器可以了解应用程序运行的基本情况、对应用程序运行的各种异常更准确定位，提高了应用程序调试效率。