本案涉及一种基于接种菌种进行发酵制备水果酵素的方法，包括：选料、剥皮切片、调整糖度、灭菌、添加改性发酵液、发酵和过滤；其中，改性发酵液是在天然发酵液中接种有改性菌种，所述改性菌种选自米曲霉、酵母菌、嗜热链球菌和保加利亚乳杆菌中的至少一种。本案在原有的工艺条件下添加有益菌种，使微生物酵素朝着设计的方向发展，不再局限于酵素原料的选择，能最大限度的提高微生物酵素的抗氧化活性和酶活力；添加改性菌种后，酵素的各项指标的变化规律以及所产生的影响，都能在实验过程中呈现，为研究开发功能性微生物酵素产品，实现工业化生产提供了一定的数据支持和理论基础。