本发明公开了一种分步降低棉籽粕中游离棉酚的脱除方法，解决了现有棉籽粕脱毒率低、能耗和水耗高等问题。技术方案包括如下步骤：步骤一：棉籽粕粉碎后与麸皮、玉米粉混合均匀作为底物备用；步骤二：将活化的芽孢杆菌和酵母菌菌种与底物混合后进行固态发酵得到湿基棉籽粕；步骤三：对湿基棉籽粕进行微波灭活脱毒后进行干燥、粉碎得棉籽粕成品。本发明方法工艺简单、安全可靠、流程短、脱毒率高、水耗和能耗低、环境友好。