本发明公开了一种利用山药加工副产物制备功能性饮料的方法及饮料，涉及山药加工领域，该方法包括以下步骤：将山药原料进行清洗、选料、去皮后，投入护色液，护色后取出山药根茎和山药皮，收集护色液；将粉碎后的山药料头、山药皮与收集的护色液和冲洗产生的山药粘液水混合，煮沸灭酶；经过糊化和糖化后，加入麦芽汁；先进行酵母菌发酵，再进行乳酸菌发酵，经调配后灭菌灌装，得到饮料。本发明以山药加工过程中产生的山药皮、山药料头和山药粘液水为主要原料，采用酵母菌、乳酸菌两步法发酵，能够显著改善山药饮料的口感，同时能够完整保留山药原有的营养成分；对山药原料的利用率高，基本不产生废弃物。