本发明提供了一株新的产朊假丝酵母菌，含该菌的益生菌剂组合物以及产朊假丝酵母菌和其益生菌剂组合物在棉粕发酵和含氨氮废液处理中的应用。本发明还提供制备发酵饲料益生菌剂组合物的方法。本发明还提供了通过紫外线诱变育种筛选获得高氨氮同化率和高棉酚降解率酵母菌突变株的方法。本发明提供的产朊假丝酵母菌氨氮同化率高，降解棉酚能力强，发酵菌体生物量和蛋白质含量高。采用该菌株处理含氨氮废液可以有效降低氨氮含量，并可形成饲用菌体蛋白；采用含该菌株的益生菌剂及其组合物发酵棉粕，可显著降低棉粕中有毒物棉酚的含量，提高粗蛋白含量和水溶性蛋白含量，并可部分替代豆粕用于饲养动物。