本发明公开了一种饲用鱼油微胶囊及其制备工艺，解决了现有鱼油微胶囊存在的包埋率低、易碎、保存运行困难等问题。所述微胶囊由芯材和壁材组成，所述芯材中含有质量百分比为55～60％饲用鱼油，壁材包括内层包衣和外层包衣，所述内层包衣为乳清蛋白粉制成，外层包衣为羧甲基壳聚糖制成，所述壁材占微胶囊总质量的5％～10％。本发明工艺简单、包埋率高、壁材强度高、有效掩盖鱼腥味、降低鱼油的氧化、易于保存和运输。