本发明提供降低酶法酯化脱酸过程中甘油二酯含量的方法，所述方法为在催化剂存在的条件下，将包含油脂、甘油和中碳链脂肪酸的原料进行酯化反应；所述中碳链脂肪酸为具有碳原子数为6～10的中碳链脂肪酸及其衍生物或它们的混合物。通过本发明方法能够降低油脂在酯化过程中甘油二酯的含量，缩短反应时间，有利于工业化生产。