本发明公开了一种黄芩苷微乳溶液和黄芩苷微乳凝胶剂及其制备方法和应用。该黄芩苷微乳溶液包括以重量计的以下组分：黄芩苷0.1‑5份、油相2‑15份、表面活性剂10‑40份、助表面活性剂5‑30份、水相30‑70份、促渗剂0‑6份。本发明采用的微乳化技术有效提高了黄芩苷的溶解性能，同时选用具有一定pH值范围的磷酸盐缓冲液为微乳水相使微乳液在增溶的同时保持药物性质的稳定性。加入适宜的凝胶基质和透皮促进剂，增加了制剂的皮肤黏附性、涂展性和延长了在皮肤的滞留时间，透皮促进剂促进了药物的透皮吸收。