本发明公开了一种椰子多肽的制备方法，包括如下步骤：步骤一、椰子蛋白的制备；步骤二、将所述椰子蛋白与蒸馏水混匀，并进行加热加压处理，得到湿热椰子蛋白浆液；步骤三、调节所述湿热椰子蛋白浆液pH，并加入一次复合酶进行超声辅助酶解，待一次酶解反应结束，得到一次酶解液；步骤四、调节所述一次酶解液的pH，并加入二次复合酶进行超声辅助酶解，待二次酶解反应结束，得到二次酶解液；步骤五、对所述二次酶解液进行微波灭酶处理，得到灭酶酶解液，并依次经降温，离心，取上清液，超滤，取滤液，冷冻干燥即得成品的椰子多肽。该椰子多肽的制备方法，工艺安全、制备便捷，制得的椰子多肽纯度高。