本发明涉及生物技术和基因工程领域，具体涉及到一种来源于宏基因组的低温酯酶、编码基因及其应用。低温酯酶为Est18，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；其编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。Est18是低温碱性酯酶，在温度40℃以下时相对稳定，最适温度20℃，最适pH为8.0，pH11.0时的最大活性>80%。