本发明公开一种用于免疫共沉淀的缓冲液及其应用，所述用于免疫共沉淀的缓冲液包括Tris‑HCl、NaCl、NP‑40和PEG，其中，所述Tris‑HCl和NaCl在所述缓冲液中的摩尔浓度对应为10～50mM和100～150mM。本发明采用温和的NP‑40去污剂，同时采用有机聚合物PEG来影响蛋白周围的水环境以及蛋白质之间的相互作用，促进大分子聚集，帮助相互作用的蛋白质靠近并结合，并使蛋白质之间的相互作用变得特异，减少了非特异性反应，从而使免疫共沉淀试验得到的照片中条带清晰、单一、可靠，从而有助于对试验结果做出正确的判断，提高免疫共沉淀试验结果的准确性。