本发明公开一种经修饰的千层塔多糖的制备方法及其应用，涉及高分子多糖技术领域。所述经修饰的千层塔多糖的制备方法包括以下步骤：将千层塔多糖溶于氢氧化钠溶液中，得千层塔多糖溶液；向所述千层塔多糖溶液中加入修饰剂，搅拌反应得反应液；调节所述反应液至中性后，透析得浓缩液；将所述浓缩液醇沉处理后使固液分离，收集沉淀并干燥，得经修饰的千层塔多糖；其中所述修饰剂为磷酸化试剂或羧甲基化试剂。通过对千层塔多糖进行修饰，制备的所述经修饰的千层塔多糖水溶性较好，提高了作为抗肿瘤药物的千层塔多糖的市场竞争力。