本发明提供了一种特异性剔除胚乳中外源基因的重组载体及其在构建无外源基因的转基因玉米中的应用，属于玉米生物技术育种技术领域。本发明以pEGAD载体为骨架载体，Cre/loxP系统中两个特异性识别位点loxP分别位于LB和RB，筛选标记表达框与Cre酶表达框和目标基因表达框插入在两个loxP位点之间；目标基因表达框为植物基因启动子驱动的靶基因；筛选标记表达框为标记蛋白基因和除草剂抗性基因形成的融合基因；Cre酶表达框为胚乳特异性表达启动子驱动的重组酶基因Cre。以玉米胚性愈伤组织为受体材料，构建一种胚乳中无外源基因的转基因玉米。利用重组表达载体实现了转基因成分在胚乳中精确剔除的转基因。