本发明属于有机硒提取技术领域，公开了一种选择性高效提取富硒植物中硒代氨基酸组分的方法，包括：将富硒植物粉与水混合，调节pH至8.5～9.5后超声处理；加入由碱性蛋白酶、胰蛋白酶和蛋白酶E组成的复合酶进行酶解，所述碱性蛋白酶、胰蛋白酶和蛋白酶E的质量比为1～2:1:1。通过特定的复合酶解体系，配合超声，提高了提取物中蛋白质含量和硒含量，并选择性提高了产物中硒代氨基酸的比例，且保证了提取物中硒代氨基酸的稳定性和活性。