本发明公开一种环二肽合成酶基因及其应用和副地衣芽胞杆菌，涉及基因工程技术领域。所述环二肽合成酶基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明提出的环二肽合成酶基因可以编码出一种环二肽合成酶，所述环二肽合成酶能够直接以细胞内氨酰‑tRNAs(aa‑tRNAs)作为底物合成出大量的环二肽cLL、cLP和cLM，合成工艺简单，且得到的所述环二肽cLL、cLP和cLM纯度高，并对根结线虫具有较强的毒杀活性，能用于制备根结线虫杀虫剂。