本发明属于微藻富硒培养技术和应用领域，具体涉及一种联产碳水化合物和EPA的方法及富硒黄丝藻。该方法包括：将黄丝藻接种于含Na₂SeO₃的mBG‑11培养基中培养，获得高碳水化合物含量和高EPA含量的富硒黄丝藻。本发明实现了富硒生物质和重要次级代谢产物同步积累的耦合，提高了黄丝藻生物质的综合利用价值，获得的富硒黄丝藻具有高碳水化合物含量和高EPA含量。拓宽了具有富硒能力的微藻生物种质资源库，也为高效规模化的富硒培养及联产碳水化合物和EPA提供了潜力藻株。