本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种酶处理辅助提取微拟球藻EPA极性脂的方法。包括如下步骤：步骤一、利用漆酶处理微拟球藻，得到微拟球藻酶解混悬液；步骤二、将所述微拟球藻酶解混悬液经离心，去除上层清液，取下层沉淀烘干干燥，即得微拟球藻酶解破壁藻粉；步骤三、将所述微拟球藻破壁藻粉进行亚临界萃取，得到微拟球藻极性脂提取液；步骤四、将微拟球藻极性脂提取液经离心，取上层清液，经真空蒸发去除溶剂，即得微拟球藻EPA极性脂。该微拟球藻EPA极性脂的制备工艺安全，方法便捷，且EPA极性脂提取率相对于现有技术显著提高。