本发明公开了一种脉冲电场诱导的菊粉复合物及其制备方法。该菊粉复合物制备方法包括：将菊粉的水溶液与原花青素的水溶液均匀混合得到混合溶液，经脉冲电场处理、超滤透析、浓缩、冷冻干燥后，得到所述菊粉复合物。本发明提出了通过制备复合物来改善菊粉结构和功能的思路；利用脉冲电场耦合超滤透析技术，最终得到的菊粉复合物可作为一种天然无毒副作用的功能性食品配料，整个制备过程绿色低碳环保。本发明基于脉冲电场诱导合成的菊粉复合物中，在优选条件下总酚含量比普通热反应增加了25％以上，具有更好的抗氧化活性和结构稳定性。