本发明公开一种木聚糖酶基因xylA1及其应用，所述木聚糖酶基因xylA1的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。本发明提供的木聚糖酶基因xylA1可以编码出一种木聚糖酶，该木聚糖酶在pH 6.0‑9.0环境下性质稳定，且在pH 9.0条件下孵育16 h后依然能够保持88%以上的剩余酶活力，在pH 10.0条件下孵育16 h后依然能够保持50%以上的剩余酶活力；在30℃~60℃性质稳定，且在60℃处理45 min后，依然能够保持90%的剩余酶活力。也就是说，本发明木聚糖酶基因xylA1编码出的木聚糖酶具有较佳的耐热和耐碱性能，能够适应造纸、动物饲料加工等生产工艺中的高温、中高碱环境，有助于提高酶利用率，有助于生产工艺的改进。