本发明公开了一种龙眼肉蛋白多糖的检测方法，包括龙眼肉蛋白多糖的制备、龙眼肉蛋白多糖的纯品制备、荧光标记龙眼肉蛋白多糖的纯品制备、龙眼肉蛋白多糖的检测。异硫氰酸荧光素能特异结合龙眼肉蛋白多糖分子中的结合蛋白，保障了定量检测的可行性和检测目标的专一性，采用高效分子排阻色谱结合荧光检测器分析检测龙眼肉蛋白多糖，在1～200μg/mL的浓度范围内线性关系良好，能实现龙眼蛋白多糖的定量分析，最低检出限为0.25μg/mL，最低定量限为0.85μg/mL；同时结合峰响应的保留时间，能有效表征蛋白多糖的分子量分布，达到对目标物质的定性分析。本发明不仅能同时实现蛋白多糖的定性、定量检测，而且方法检出限低、灵敏度高、专一性强。