本发明涉及一种紫菜苔同步生产功能性配料和粉状食品的制备方法，将紫菜苔的花芽及嫩茎经湿法研磨和超微粉碎、风味包埋和喷雾干燥技术制备紫菜苔功能性配料；或者以食用紫菜苔整株为原料，经微波真空干燥、低温微粉碎得到紫菜苔营养蔬菜全粉；采用循环超声水溶液提取、膜分离与树脂纯化相结合方法对紫菜苔中高度酰基化的花色苷类天然色素进行提取分离纯化，制备出天然、安全、高效的功能性食品添加剂。本发明制备的紫菜苔保留了紫菜苔的主要营养、原本特征风味及活性成分，配合紫菜苔天然红色素，可广泛应用于面制品、饮料等食品加工业，亦可作为天然抗氧化剂用于功能性饮品、膳食补充剂和日用消费品等。